小肠位居胃下、大肠上，承接胃腑下传之食糜，故名“受盛之官”。“受”者接纳，“盛”（音chéng）者以器承物。小肠既能承接胃司、传化糟粕，又能分清泌浊、别其清浊而去留。《素问·六节藏象论》将脾、胃、大肠、小肠、三焦、膀胱共称为“仓廪之本，营之居也，名曰器，能化糟粕，转味而入出者也”。小肠须与脾胃等腑协同，方能完成“转味入出”的完整过程。
一、受盛化物与泌别清浊：消化之枢纽
小肠的生理功能可概括为“受盛化物”与“泌别清浊”，二者一体两面，不可分割。
小肠首要任务是“受盛”，即接受并容纳胃传下的食糜，使其停留一定时间。在此基础上进行“化物”，将食糜进一步分解为可吸收的精微物质与不可吸收的糟粕。正如《医原》所言：“小肠化糟粕传于大肠而下降。”这一过程是脾胃“升清降浊”得以实现的基础，若小肠化物失司，则脾之升清无以为继。
泌别清浊：将水谷精微及津液吸收，经脾气转输至全身，奉养脏腑。将食物残渣（固态糟粕）下输大肠；将剩余水液（液态糟粕）渗入膀胱，生成尿液。此过程完美诠释了“分清泌浊”的内涵：清者上升，浊者下降，水谷由此而分道扬镳。
二、心合小肠：表里相应
小肠与心构成脏腑表里关系。《灵枢·经脉》载：“心手少阴之脉，起于心中，出属心系，下膈络小肠，小肠手太阳之脉，起于小指之端入缺盆，络心，循咽，下膈，抵胃，属小肠。”心与小肠通过经脉的相互属络，形成表里配合的生理格局。
生理上，心生血以濡养小肠，心阳对小肠有温煦作用，这是维持小肠正常化物的条件；小肠化生水谷精微，经脾运化上输于心，化赤为血以养心脉。二者一阴一阳、一里一表，升降互济。
病理上：心火下移，常致小肠热盛，出现小便短赤；反之，小肠有热，亦可上扰心神。
三、通降之用：传化之府
肠属“六腑”，其核心生理特性是“以通为用，以降为顺”。《素问·五脏别论》云：“六腑者，传化物而不藏，故实而不能满也。”小肠必须保持通畅，食糜入肠，化物之后，必须及时下降排空，方能接受新入之物。
阑门为消化道之要冲。清代张聿青曰：“小肠之化物，化其完谷而已，迨至传道之地，则变化物质而为糟粕，肠胃接壤之区，谓之阑门，化谷为便，由此而趋后阴，化饮为溲，由此而入膀胱。”此处乃小肠分清别浊之终末关卡，糟粕由此传入大肠，实现水与谷的最终分离。
小肠以受盛为基、化物为用、泌别为枢、通降为顺。上与心相表里而互济，下与脾胃相配合而周流。其功能若概括为一句话，即：承接胃之食，分清泌浊，化精养心，降浊传肠。
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