《灵枢·本神》开篇即言：“天之在我者德也，地之在我者气也，德流气薄而生者也。”人以天德为精神生命的本源，以地气为形质生命的物质基础，“德”与“气”交互作用，激荡冲融，而后生命得以诞生。在此基础上，经文层层递进地描绘了精神活动的生发序列：“故生之来谓之精，两精相搏谓之神，随神往来者谓之魂，并精而出入者谓之魄，所以任物者谓之心，心有所忆谓之意，意之所存谓之志，因志而存变谓之思，因思而远慕谓之虑，因虑而处物谓之智。”德 → 气 → 精 → 神 → 魂 → 魄 → 心 → 意 → 志 → 思 → 虑 → 智，这十二个概念构成了一条从形质到精神、从本能到认知的完整精神发生链条。
一、精与神：生之来谓之精，两精相搏谓之神
精与神。 “生之来谓之精”——禀受于父母的先天之精，是生命创生的物质原点。而“两精相搏谓之神”——父精母血交合之际，阴阳精气相互搏击，遂产生原始的生命活力，即“神”。此神非宗教意义上的神灵，而是生命活动的统称与主宰，人体之所以能活着、能动、能觉，皆因有此神。张景岳在《类经》中释曰：“神者，阴阳合德之灵也。”盖神为生命之光，其化生始于两精相合之瞬间，人体一切精、气、血、津液皆化于神，皆受神统摄。
二、魂魄：随神往来者谓之魂，并精出入者谓之魄
魂魄——神的分身。 《本神》云：“随神往来者谓之魂，并精而出入者谓之魄。”魂随神而行，魄随精而动。二者本源于神，而又各有主司。《难经》注说：“肝藏魂，神气之辅弼也，肺藏魄，精气之匡辅也。”辅弼者，辅助、配合也。魂辅佐神而发挥意识、情绪、精神活动——魂若不安，则出现多梦、梦魇、幻觉之类；魄辅佐精而主管先天感觉与本能动作——魄若不安，则出现感觉异常、肢体麻木、本能反应失调之类。《黄帝内经太素》以“神之别灵”释魂魄：“魂者，神之别灵也，魄，亦神之别灵也。”谓魂魄皆是神的两个分身，神为本体，魂魄为表现。
三、心意志思虑智：所以任物者谓之心，因虑而处物谓之智
心意志思虑智——认知过程。 从“所以任物者谓之心”到“因虑而处物谓之智”-，经文完整勾勒了人类认知活动的全过程：外物刺激感官，心接受并回应——此为感知；心有所追忆，形成意——此为记忆；意持续留存，谓之志——此为意志记忆；启动意志催生思虑变化——此为思维；思虑延伸至深远之处——此为推理；深思熟虑之后再妥善处理外物——此为智慧。心、意、志、思、虑、智这六个环节，从单一的感知觉一步步走向高级智慧，构建了一个极为完备的认知心理学体系。
四、五脏藏神——神宅于脏，形神不离
《灵枢·本神》确立了“五脏藏神”的核心理论：“肝藏血，血舍魂；脾藏营，营舍意；心藏脉，脉舍神；肺藏气，气舍魄；肾藏精，精舍志。”五脏分别藏纳血、营、脉、气、精等有形精微物质，而魂、神、意、魄、志五神则安舍其中——“舍”者，宅也，居室也。五神各得其宅，则精神活动正常有序；五脏失和，五神不安，则精神紊乱，诸病丛生。
五脏之虚实，直接决定五神之表现。《灵枢·本神》云：“肝气虚则恐，实则怒，心气虚则悲，实则笑不休。”同一脏腑，虚实则情志迥异，足见五神并非恒常不变，而是随五脏气血阴阳之盛衰而动态波动。
五、五神不安——脏神失和，精神乃乱
现代社会，失眠、焦虑、抑郁等精神类疾患日趋高发，观其本质，皆可归于五脏与五神的失调。
肝不藏魂，则魂不安而多梦失眠。肝藏血，血舍魂。肝血亏虚，魂失所养，则夜卧不宁，梦扰纷纭，甚则噩梦惊惕，醒后疲乏难复。
心神不安，则神乱而惊悸怔忡。心藏脉，脉舍神。心血不足或心火亢盛，神无定主，则心中悸动、易惊善恐，或无故烦躁，昼夜不宁。
肺不藏魄，则魄乱而感觉异常。肺藏气，气舍魄。魄司感觉与本能，肺气失和，魄无所舍，则见肌肤麻木、蚁走感、畏寒畏热而形体无改，或更年期潮热汗出、烦躁莫名。
脾不藏意，肾不藏志，则意妄志乱。脾藏营，营舍意；肾藏精，精舍志。意乱则思虑无制、强迫思维、记忆错杂；志乱则意志不坚、注意力涣散、健忘呆钝。二者常相兼见，致人昼夜焦躁，做事有始无终。
《灵枢·本神》言：“智者之养生也，必顺四时而适寒暑，和喜怒而安居处，节阴阳而调刚柔。如是，则僻邪不至，长生久视”。五神安和，本质是顺应天地德气，调和五脏阴阳，使形与神俱。五神愈安，则天人愈近；五神愈稳，则身心愈和。此即《灵枢·本神》留给我们最朴素也最高明的精神养生法则。
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